Las patas y los dedos de las aves están cubiertos por escamas típicas de los reptiles, y los dedos presentan uñas semejantes. Ocasionalmente algunas especies presentan también uñas en los dedos vestigiales de las alas. Tanto el esqueleto de las aves como el de los reptiles se caracterizan por tener un solo cóndilo occipital (articulación del cráneo con la primera vértebra), una sola apófisis uncinada en las costillas, entre otras características comunes. Las aves tienen sacos aéreos internos que comunican con las cavidades pulmonares.
Las aves y los reptiles depositan huevos, de los cuales los pichones eclosionan por medio de una carúncula especial.
Los ojos en ambas clases tienen membrana nictitante y otras características que son únicas. Finalmente, los glóbulos rojos presentan núcleo en ambos grupos y las proteínas sanguíneas de las aves se asemejan más a las de los reptiles que a las de las demás clases de vertebrados.
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