Durante la evolución de las aves, los huesos del cráneo han sufrido una gran fusión secundaria. Esto cumple la función de obtener el máximo de fuerza en una estructura que ha reducido mucho su volumen para aligerar el peso. Los huesos en general son delgados, huecos y llenos de aire. Las mandíbulas, que en otros grupos son muy pesadas, se han reemplazado por un pico córneo (ramphoteca) sin dientes y muy liviano.
Las mandíbulas tipo bisagra incluyen una mandíbula superior móvil (semejante a la de los reptiles), que les permite abrir mucho la boca. Las aves, como los reptiles en general tragan sus alimentos enteros, por los tanto necesitan abrir mucho la boca. El libre movimiento de las mandíbulas compensa la ausencia de miembros anteriores que son los que intervienen en la captura y manejo de los alimentos.
Ya que el sentido del olfato es reducido en las aves, los ojos han aumentado mucho de tamaño a expensas del aparato olfatorio. Son tan grandes que casi se juntan en la línea media del cráneo, desplazando al cerebro hacia atrás.
La cabeza con sus movimientos libres está colocada en forma tal que puede equilibrarse fácilmente en vuelo como cuando el ave se encuentra en tierra. La unión de la cabeza con el cuello es por medio de un solo cóndilo ubicado por debajo del cráneo (en los otros grupos en general es posterior). En el caso de los mamíferos, la articulación se realiza por medio de dos cóndilos, que no permite un movimiento tan amplio de la cabeza como en las aves. En general, las aves pueden girar la cabeza en un ángulo de casi 360º.
La columna vertebral se encuentra también muy modificada, para darle al cuello mayor ligereza, fuerza y movimiento. Las vértebras del cuello varían en lo referente a su estructura como en número, según las diferentes especies. En general presentan una articulación heterocélica (con extremos en forma de silla de montar), sin embargo en el cuello de las garzas, hay una articulación especial, que les permite formar un retorcimiento en la parte media. Esto es utilizado por estas especies para realizar movimientos rápidos para capturar peces. Mientras que el número de vértebras cervicales en los mamíferos es de siete, en las aves el número puede variar entre 11 en los loros hasta 25 en los cisnes. Las vértebras torácicas se encuentran reducidas en número (entre 3 y 10) encontrándose generalmente las más anteriores fusionadas conformando un denominado hueso dorsal. Dos o tres vértebras torácicas móviles se articulan con el sinsacro, que está formado por las vértebras lumbares, sacras y las primeras caudales, fusionándose con la cintura pélvica para formar una sola estructura inmóvil. El resultado de esta fusión es que el peso de los huesos se reduce sin perder fuerza se sostén. Las vértebras caudales restantes son más pequeñas y en general se fusionan en el denominado pigostilo, que es la estructura que sostiene las plumas de la cola.
Los huesos de las extremidades se encuentran muy modificados, especialmente los de los miembros anteriores, que se transformaron en las alas. En los miembros posteriores, el peroné se encuentra muy reducido a una pequeña “astilla” unida a la tibia. La tibia y los huesos tarsianos proximales se encuentran fusionados formando el tibio-tarso, y los huesos metatarsianos y tarsianos distales se fusionan formando el tarso-metatarso. El número de dedos varía entre 2 y 4 en cada pata (no se encuentran cinco dedos en las aves) y la orientación de los dedos varía de acuerdo a las diferentes adaptaciones de las diferentes especies. El primer dedo en la mayoría de las aves se encuentra dirigido hacia adelante, o hacia atrás. El avestruz africano presenta sólo dos dedos (3º y 4º), ambos dirigidos hacia delante.
Además de disminuir el peso, las proporcione del esqueleto se encuentran modificadas para permitir el vuelo. Si el peso es sostenido por las alas, el centro de gravedad del animal deberá encontrarse a nivel de las alas. La cola pesada y larga de los reptiles se elimina y las partes posteriores del cuerpo se reducen y son desplazadas hacia delante.
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